本发明公开了一种防冻的清洁型源分离厕所，包括排泄物收集模块、粪尿分离模块、发酵模块；所述排泄物收集模块包括依次设置的便器、粪尿储存仓和进料管；所述发酵模块包括初级发酵池、与初级发酵池相连的污水管，与污水管依次相连的储液池和储渣槽、低于污水管设置且与储液池相连的粪渣管、设在储液池和储渣槽上方的低温微生物菌剂箱、设在低温微生物菌剂箱上的投加管。本发明通过低温微生物强化发酵保证了粪污的处理效果，利用负压抽风和生物除臭相结合的方法，维持厕房内外无臭、无味环境；基于虹吸效应进行粪尿源分离，分离后的尿液可加工为植物叶面肥，干物质可作为有机肥，进行资源化利用。