本发明提供了一种碳化钼活化过氧乙酸处理废水的方法，涉及高级氧化水处理领域。包括以下步骤：将有机废水与过氧乙酸在反应器中混合，调节pH后加入碳化钼启动氧化反应，快速降解水中的污染物，有机废水的pH值优选为弱碱性。在本发明中，有机污染物可被碳化钼活化过氧乙酸产生的活性物种，如有机自由基、羟基自由基等氧化而降解；在反应初始pH值为9时，对有机废水中的磺胺甲恶唑的降解效率最高，可使不同浓度的磺胺甲恶唑去除率在两分钟内达95％以上，同时对其他有机污染物如亚甲基蓝等也有一定的去除效果；碳化钼为固体粉末，容易从水体中去除；本发明不需要额外的能量摄入，同时过氧乙酸还能对水体起到消毒杀菌作用。