本发明公开了一种基于权重功能连接的个体化靶点定位方法，包括如下步骤：步骤S1、对无磁共振禁忌症的患者进行结构磁共振和静息态功能磁共振扫描，得到结构磁共振和静息态功能磁共振数据；步骤S2、对患者进行轻度认知损害的量表评估，确定量表的不同维度的评分；步骤S3、对静息态功能磁共振数据进行预处理；步骤S4、确定所需干预的深部脑区及表层联系脑区；步骤S5、结合认知评估量表的评分，计算认知相关的深部脑区与感兴趣脑区的功能连接最大权重功能连接，确立最大权重功能连接对应的感兴趣脑区的点作为经颅磁刺激的个体化的刺激靶点。该方法克服重复经颅磁刺激只能聚焦于大脑表层无法刺激深部脑组织的问题。