一种基于反相乳液法制备的多功能化微米磁性二氧化硅微球、制备方法和应用，属于磁性材料制备技术领域。本发明多功能化微米磁性二氧化硅微球包含Fe3O4磁性颗粒，包裹在Fe3O4磁性颗粒表面的二氧化硅，及二氧化硅表面的接枝的官能团。官能团包括羟基、氨基、羧基或乙烯基中的一种；多功能化微米磁性二氧化硅微球的粒径为3μm70μm。本发明以Fe3O4作为磁性部分，以油包水反相乳液形成微小液滴，在Fe3O4表面包覆二氧化硅，并可通过调节脂肪酸酯类化合物和一元醇类化合物的用量以及转速，可制备得到几微米到几十微米的磁性微球，可得到氨基、乙烯基以及羧基修饰的磁性微球。