建立蒸散发模型和产流模型，根据所述蒸散发模型和所述产流模型对农业区用水进行诊断；S2，建立非点源污染模型，对农业区非点源污染进行诊断；S3，根据所述农业区用水的诊断和所述非点源污染的诊断，对农业区水资源环境进行诊断。本发明的方法既考虑不同种植结构的下垫面非均一性带来的总的用水和灌溉用水空间差异，又考虑了不同下垫面非点源污染排放强度，能够有效地诊断水资源环境问题。